La région de Bellefontaine, faisait partie des domaines du Monastère de Saint Oyant de Joux dépendant de l'Abbaye de St-Claude, qui s'étendaient à l'origine jusqu'au Canton de Mouthe. C'était la terre de Saint-Claude.
C'est probablement au XIIIème siècle qu'apparurent les premiers habitants.
Après les passages de hordes Germaniques et Françaises, pillant, brûlant, tuant dans les années 1630, les habitants des villages voisins avaient pris l'habitude de monter à Bellefontaine pour chercher l'eau des sources non contaminées. D'où le nom qui aurait été donné à ce lieu : BELLE-FONTAINE au sens de bonne fontaine, bonne eau.